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[other] hisat2自带log为什么与samtools统计结果不一致

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发表于 2017-8-4 15:28:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
您好!我想请教下,我用hisat2得到的sam文件后,我想统计它的比对结果,为什么用samtools flagstat得到的结果不对
for example: 这是做完hisat2的结果:


这是samtools flagstat的结果:



两者结果不一样,samtools的结果过还多了 ,请问这是为什么?求大神指教



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发表于 2018-3-28 11:09:17 | 显示全部楼层
你这个都在97%以上,不错了呀
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发表于 2018-3-28 11:20:55 | 显示全部楼层
我的同一个样本比对出来结果相差30%以上
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