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[其他] 求助用于amplicon sequencing的demultiplexing软件

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发表于 2017-8-7 00:05:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 CaCn 于 2017-8-7 00:11 编辑

我做的amplicon sequencing,用于PCR的引物设计如下

引物对1 F1:NN-barcode1-基因引物F;R1:NNN-barcode1-基因引物R
举个例子,F1为:NNATACATACAGCRTGAATCTYTAACGCT
          R1为:NNNATACATACGGAAGATCYGYTTDAGTT
引物对2 F2:NN-barcode2-基因引物F;R2:NNN-barcode2-基因引物R
引物对20 F20:NN-barcode20-基因引物F;R20:NNN-barcode20-基因引物R

我一共有20对这样的引物,扩增同一基因,引物对之间的差别主要在于那8个碱基的barcode。
我用这20对引物扩增了20个DNA样品,然后混合起来,纯化,测定浓度,然后用TruSeq DNA PCR-Free LibraryPreparation Kit构建library,这20个样品的PCR产物就在一个library里面(共用一个index),用Miseq测序。
测序后,Miseq根据index做demupltiplexing,我这20个样品的序列在两个文件里(R1和R2)。请问,有没有什么软件可以做demulptiplex、得到每个样品的fastq文件?要求软件能利用引物信息和引物两端的barcodes。网上看了一些软件,有的只利用barcode的信息(如adaperremoval),有的要求有barcode的fastq文件(如qiime),有的demultiplex后是一个文件(如ngsfilter)。而我想demultiplex后得到每个样品的序列,这样就可以用qiime2进行下一步分析.
谢谢。

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