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[mRNA-seq] 转录组入门作业——1

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发表于 2017-8-9 16:22:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 mt831 于 2017-8-9 16:22 编辑

[mw_shl_code=shell,true]# 系统环境:CentOS 6.8(虚拟机之前就已安装好,所以不是群主推荐安装的ubuntu)
# 软件安装参考:
# http://www.biotrainee.com/thread-1742-1-1.html
# http://www.biotrainee.com/thread-1796-1-1.html

# download miniconda2
wget https://repo.continuum.io/minico ... est-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc

# sratoolkit
conda install -c jfear sratoolkit=2.8.1
fastq-dump

# fastqc
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5
fastqc

# hisat2
conda install -c bioconda hisat2
hisat2

# samtools
conda install -c bioconda samtools=1.5
# error
# samtools: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory
# 参考 https://www.biostars.org/p/266111/
conda install -c conda-forge -c bioconda samtools bzip2
samtools

# htseq-count
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
python
>>>import HTSeq

# R
sudo yum install epel-release
sudo yum install R
R

# Rstudio
conda install rstudio
rstudio
[/mw_shl_code]



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发表于 2017-8-10 09:57:07 | 显示全部楼层
用conda安装时没有报错吗?我试的时候显示一些网络链接问题。
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 楼主| 发表于 2017-8-10 13:39:58 | 显示全部楼层
xotong 发表于 2017-8-10 09:57
用conda安装时没有报错吗?我试的时候显示一些网络链接问题。

除了上面贴出来的安装samtools时有报错,其他都没有。
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发表于 2018-1-3 10:31:32 | 显示全部楼层
conda安装的过程最麻烦的是网络不稳定,多安几次就可以了。我遇见的问题主要都是几k的网速。。。。
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