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发表于 2017-8-9 18:58:42 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 mt831 于 2017-8-9 18:58 编辑

CentOS release 6.5 (Final)
GEO/SRA数据库的数据存放形式 参考
    http://www.biotrainee.com/forum. ... d=1884&fromuid=1685
    http://www.biotrainee.com/forum. ... d=1829&fromuid=1685

软件及参数:
    比对:TopHat (v2.0.13) 参考基因组:GRCh37/hg19 GTF文件:GTF version GRCh37.70 去除MQ>30的reads
    计算平均插入大小和标准差:Picard-tools(v1.126)
    计算reads count:HTSeq (v0.6.0)
    差异表达:DESeq (v3.0) 差异外显子:DEXSeq (v3.1)
    normalize Bigwig files to per million reads:BEDTools (v2.17.0), bedGraphToBigWig tool (v4)
    统计分析和作图: R (v3.1.1) (http://www.r-project.org/)
    GO富集分析:DAVID (http://david.ncifcrf.gov/)

[Shell] 纯文本查看 复制代码
# download Aspera
wget [url=http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz]http://download.asperasoft.com/d ... 442-linux-64.tar.gz[/url]
tar zxf aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh
echo 'PATH=$PATH:/home/tma/.aspera/connect/bin' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
ascp
# download data
for x in $(seq 48 62);do ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --host=ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv /sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/SRR35899"$x"/SRR35899"$x".sra . ;done

# sratoolkit prefetch
for x in $(seq 48 62);do prefetch SRR35899"$x";done





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