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发表于 2017-8-11 22:08:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 mt831 于 2017-8-11 22:08 编辑

UCSC参考基因组(hg19)下载    参考http://www.jianshu.com/p/f101c9238fc5
[mw_shl_code=applescript,true]nohup wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/g ... Zips/chromFa.tar.gz &
tar -zxvf chromFa.tar.gz
cat *.fa > hg19.fa
rm -rf chr*[/mw_shl_code]
参考基因组注释下载(NCBI)    参考:http://www.bio-info-trainee.com/1469.html
[mw_shl_code=applescript,true]nohup wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gen ... 5_top_level.gff3.gz &[/mw_shl_code]
参考基因组注释下载(Ensembl)    参考:http://www.bio-info-trainee.com/1469.html
[mw_shl_code=applescript,true]nohup wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/releas ... ns.GRCh37.75.gtf.gz &[/mw_shl_code]
参考基因组注释下载(Genecode)    参考:http://www.jianshu.com/p/f101c9238fc5
[mw_shl_code=applescript,true]wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/genco ... 7.annotation.gtf.gz
wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/genco ... .annotation.gff3.gz
gunzip *.gz
rm -rf *.gz
[/mw_shl_code]
IGV下载及使用     参考:http://www.biotrainee.com/thread-1998-1-1.html

TP53(软件中参考基因组)

TP53(软件中参考基因组)

TP53(自行下载的hg19)

TP53(自行下载的hg19)



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