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发表于 2017-8-11 22:08:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 mt831 于 2017-8-11 22:08 编辑

UCSC参考基因组(hg19)下载    参考http://www.jianshu.com/p/f101c9238fc5
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
nohup wget [url=http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz]http://hgdownload.soe.ucsc.edu/g ... Zips/chromFa.tar.gz[/url] &
tar -zxvf chromFa.tar.gz
cat *.fa > hg19.fa
rm -rf chr*

参考基因组注释下载(NCBI)    参考:http://www.bio-info-trainee.com/1469.html
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
nohup wget [url=https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/BUILD.37.3/GFF/ref_GRCh37.p5_top_level.gff3.gz]https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gen ... 5_top_level.gff3.gz[/url] &

参考基因组注释下载(Ensembl)    参考:http://www.bio-info-trainee.com/1469.html
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
nohup wget [url=ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz]ftp://ftp.ensembl.org/pub/releas ... ns.GRCh37.75.gtf.gz[/url] &

参考基因组注释下载(Genecode)    参考:http://www.jianshu.com/p/f101c9238fc5
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
wget [url=ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_26/GRCh37_mapping/gencode.v26lift37.annotation.gtf.gz]ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/genco ... 7.annotation.gtf.gz[/url]
wget [url=ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_26/GRCh37_mapping/gencode.v26lift37.annotation.gff3.gz]ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/genco ... .annotation.gff3.gz[/url]
gunzip *.gz 
rm -rf *.gz

IGV下载及使用     参考:http://www.biotrainee.com/thread-1998-1-1.html

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