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楼主: anlan

[mRNA-seq] 转录组入门(7-8)从差异基因到富集分析

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 楼主| 发表于 2017-12-3 23:03:46 | 显示全部楼层
本帖最后由 anlan 于 2017-12-3 23:09 编辑
xiao7462 发表于 2017-12-3 19:20
加了这个  
[mw_shl_code=applescript,true]gene=bitr(diff_gene_ENSEMBL,fromType = 'ENSEMBL',toType = ' ...

-0- 我也很无奈啊,我换了台电脑,装了下R包,版本号为clusterProfiler v3.4.4,代码还是上面那个取前200个gene id

library(clusterProfiler)
library(org.Mm.eg.db)

data <- read.table(file = "mouse_all_count.txt", sep = "\t", header = T)
diff_gene <- as.vector(head(data$X, 200))
diff_gene_ENSEMBL <- unlist(lapply(diff_gene, function(x){strsplit(x, "\\.")[[1]][1]}))
ego <- enrichGO(gene = diff_gene_ENSEMBL, OrgDb = org.Mm.eg.db,
                keytype = "ENSEMBL", ont = "BP", pAdjustMethod = "BH",
                pvalueCutoff = 1, qvalueCutoff = 1)
enrich_go <- as.data.frame(ego)

结果还是有的。。我暂时也想不到你为啥必须要先转化成entrez id才不会报错。。但是如果ID转化成果的话,做enrich也没报错的话应该有结果的,要么不就吧Pvalue和qvalue像我一样都设为1看看



微信截图_20171203230509.png
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发表于 2017-12-8 16:43:39 | 显示全部楼层
把keyType的T改成大写就得到跟你一样的结果了 。 为什么你小写是可以运行的 ?
官方文档上好像是大写的T。

Snipaste_2017-12-08_16-39-02.png
1.png
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 楼主| 发表于 2017-12-9 15:09:24 | 显示全部楼层
xiao7462 发表于 2017-12-8 16:43
把keyType的T改成大写就得到跟你一样的结果了 。 为什么你小写是可以运行的 ?
官方文档上好像是大写的T。
...

可能是我的版本比较老吧,我大概是几个月前更新的版本,还是以官方的说明的为准呗,我的仅供参考了
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发表于 2017-12-15 18:27:01 | 显示全部楼层
谢谢您的分享!很受用。
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发表于 2018-5-10 21:05:23 | 显示全部楼层
感谢楼主分享,还有xiao7462的反馈,非常感谢
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发表于 2018-8-24 14:28:18 | 显示全部楼层
楼主可以写个爬取gene ontology官网和KEGG官网注释的脚本嘛,感谢感谢
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发表于 2018-10-21 18:28:52 | 显示全部楼层
xiao7462 发表于 2017-12-1 10:07
在GO富集上, 用你的代码怎么会出现  
Error in enrichGO(gene = diff_gene_ENSEMBL, OrgDb = org.Mm.eg.db ...

keyType 改成这个就行了
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发表于 2019-1-7 20:47:52 | 显示全部楼层
请问一下  MD00G1000100这种基因ID 怎么进行转换
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发表于 2019-11-20 15:41:24 | 显示全部楼层
你好,我想用DESeq2进行两两比较的话,应该在哪个地方进行修改,
sampleTable <- data.frame(condition = factor(rep(c("12DFL_B","12DFL_D","12DFL_M","12DFL_T","12DFL_U","16DFL_B","16DFL_D","16DFL_M","16DFL_T","16DFL_U"),each=3)),levels = c("12DFL_B","12DFL_D","12DFL_M","12DFL_T","12DFL_U","16DFL_B","16DFL_D","16DFL_M","16DFL_T","16DFL_U"))
这是计算完后我查看哪些进行比较,发现默认的是后面的都给第一个比较,我想要的是两两比较
resultsNames(dds2)
[1] "Intercept"                  
[2] "condition_12DFL_D_vs_12DFL_B"
[3] "condition_12DFL_M_vs_12DFL_B"
[4] "condition_12DFL_T_vs_12DFL_B"
[5] "condition_12DFL_U_vs_12DFL_B"
[6] "condition_16DFL_B_vs_12DFL_B"
[7] "condition_16DFL_D_vs_12DFL_B"
[8] "condition_16DFL_M_vs_12DFL_B"
[9] "condition_16DFL_T_vs_12DFL_B"
[10] "condition_16DFL_U_vs_12DFL_B"

这种应该要怎么解决
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