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[mRNA-seq] 转录组入门1_安装Win10 Subsystem for Linux and softwares

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发表于 2017-8-15 23:57:02 | 显示全部楼层 |阅读模式
1.安装系统
基本上按照安装指南就可以快速的安装上子系统。选择快速更新通道更新系统到build 16215版本或者更高。

1.1右击This PC,选择properties,点击左上角Control Panel Home,选择Programs,选择Turn Windows features on or off,勾选 Windows Subsystem for Linux (Beta)后确定即安装。如下图所示:


1.2允许开发者功能
在更新和安全中,打开开发人员模式。如下图

打开Windows应用商店,安装Ubuntu。所有驱动器将会Mount到/mnt/c/ 目录(c是驱动器名字)。

1.3 更新系统和软件
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade


2、查看系统版本
2.1使用cat命令查看
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
cat /proc/version


2.2使用命令uname 查看
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
uname -a


2.3 使用lsb_release 命令查看
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
lsb_release -a

这三个命令执行一个就行,或者不执行也行。

3.安装R语言
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev


4. 安装Bioconda
anaconda 自带了众多科学计算所需的包,免去了安装的麻烦,安装的anaconda的同时,可以一起安装python 3.6。Miniconda是anaconda的缩减版本,只含有conda的基本程序,依赖包等。如果不想安装anaconda的多个包(整体安装完可能需要1.8Gb左右),可以选择Miniconda。推荐安装anaconda。

4.1 下载安装包
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
wget [url=https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh]https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh[/url]


4.2  md5sum验证安装包的完整性
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
md5sum Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh


4.3 安装anaconda
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
bash Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh

一路选择默认安装。以下内容来自anaconda官网网页
The installer prompts “In order to continue the installation process, please review the license agreement.” Click Enter to view license terms.
Scroll to the bottom of the license terms and enter Yes to agree to them.
The installer prompts you to click Enter to accept the default install location, CTRL-C to cancel the installation, or specify an alternate installation directory. If you accept the default install location, the installer displays “PREFIX=/home/<user>/anaconda<2 or 3>” and continues the installation. It may take a few minutes to complete.
The installer prompts “Do you wish the installer to prepend the Anaconda<2 or 3> install location to PATH in your /home/<user>/.bashrc ?” Enter Yes.
NOTE: If you enter “No”, you must manually add the path to Anaconda or conda will not work. See FAQ.
The installer finishes and displays “Thank you for installing Anaconda<2 or 3>!”

4.4  source完成安装
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
source ~/.bashrc

Close and open your terminal window for the installation to take effect, or you can enter the command source ~/.bashrc. (anaconda官网网页)

输入“conda”会显示软件信息
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda


输入“conda list”可以查看已经安装的软件
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda list

Verify your installation by entering conda list. If the installation was successful, the terminal window displays a list of installed Anaconda packages. (anaconda官网网页)

4.5 添加channels
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda


查看已经添加的channels
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda config--get channels


4.6更新conda
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda update conda


4.7 使用bioconda安装软件
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
conda install -c bioconda samtools
conda install -c bioconda htseq
conda install -c bioconda hisat2
conda install -c bioconda fastqc
conda install -c jfear sratoolkit
conda install rstudio


注意:使用Bioconda安装软件的时候,不管在任何位置均可以安装,并且均是安装在anaconda3文件夹下面。可以用如下命令查看软件的安装位置。
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
which softwarename


5. Windows运行Ubuntu图形程序
首先需要安装 Xming X Server for Windows (https://sourceforge.net/projects/xming/);执行如下命令来安装图形化驱动
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
sudo apt-get install x11-apps

然后在 Windows 10 的 Bash 中运行如下命令
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
DISPLAY=:0 rstudio

注意:需要先在Windows中启动Xming,然后在Ubuntu中再输入命令。

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