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[alignment] BLASTn比对结果如何计算序列覆盖度

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发表于 2017-8-16 20:22:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
大神求指点,我把三代全长转录本与已知lncRNA数据库进行比对,打算将blastn比对结果中的e-value<=1e-10,min-identity=90%,min-coverage=85%的序列就算做是比对上的序列,现在序列覆盖度不知道怎么算,因为比对的结果里面只有Query id, Subject id, %identity, alignment length, mismatches, gap openings, q.start, q.end, S.start, S.end, e-value, bit score这几个选项,目的是为了将比对上的序列和未比对上的序列区分开,和数据库比对上的序列就当作是已知lncRNA,再从未必对上的序列中寻找novel lncRNA.下面就是我的blastn比对结果的截图

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发表于 2017-8-18 10:04:18 | 显示全部楼层
alignment length除以你比对上的那条lncRNA序列的长度即可认为是序列覆盖度了吧,我没试过,只是这么认为哈
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