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GWAS中如何计算BLUP

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发表于 2016-9-14 23:34:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 pele 于 2016-9-14 23:37 编辑

BLUP即最佳线性无偏预测(Best Linear Unbiased Prediction),该方法广泛用于GWAS中对多年多点表型数据分析当中,R语言中的lme4包可以对此进行分析,下面简单介绍下使用过程数据格式如下
数据格式如下:
R语言代码:
## BLUPS
LPmodel = lmer(LP~ (1|LINE) + (1|LOC) + (1|YEAR) + (1|REP %in% LOC:YEAR) + (1|LINEOC) + (1|LINE:YEAR),
                 control=lmerControl(check.nlev.gtr.1 = "ignore"))
# estimate BLUPS
LPblup = ranef(LPmodel)
LPlineblup = LPblup$LINE
# save the LPlineblup output to a separate .csv file
write.csv(LPlineblup, file="LPLineBLUPS.csv")








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发表于 2018-4-17 22:08:12 | 显示全部楼层
您好  您这最后得出的LPlineblup  最终用的blup值 是不是=所有值的平均值+LPlineblup?
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