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[coding] 请问根据序列ID号提取相应ID用python该怎么实现

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发表于 2017-8-22 10:10:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
我有一个三代转录本的fasta格式的文件,文件内容如截图所示,现在还有一个转录本id的文件,文件内容也如截图所示,请问如何用python实现根据ID号将相应序列提取出来组成一个新的文件,然后剩下的序列组成一个文件。跪求大神点播。我之前的思路是用字典,但想了半天没有实现

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发表于 2017-9-11 19:58:30 | 显示全部楼层
[Python] 纯文本查看 复制代码
from Bio import SeqIO

id = [line.strip() for line in open("id.txt", 'r')]

out_rec = []
other_rec = []

for rec in SeqIO.parse("in.fa", 'fasta'):
    if rec.id in id:
        out_rec.append(rec)
    else:
        other_rec.append(rec)

SeqIO.write(out_rec, "out.fa", 'fasta')
SeqIO.write(other_rec, "other.fa", 'fasta')
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 楼主| 发表于 2017-8-22 11:21:36 | 显示全部楼层
跪求大神点拨一二
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发表于 2017-8-22 21:45:34 | 显示全部楼层
为什么不搜索呢?
讲解如何抽取fasta文件里面指定序列名的序列 http://www.biotrainee.com/thread-150-1-1.html 
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2018-5-9 21:04:53 | 显示全部楼层
Biopython可以试试啊
这里太冷清了
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