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[其他] 转录本与lncRNA数据库比对,如何从比对结果中筛选已知lncRNA

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发表于 2017-8-25 17:23:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
我在基迪奥的ppt上看见的流程,上面说将转录本与已知lncRNA数据库比对,然后就能获得已知的lncRNA,我感觉这中间的过程不是很清楚,我是将三代转录本和NONCODE数据库用blastn进行比对,NONCODE数据库是包含了所有非编码RNA的数据库,我将blastn结果中e-value<=1e-10,min-identity=80%,min-coverage=50%的序列筛选出来当作比对上的序列,请问这些比对上的序列就是已知的lncRNA序列吗,如果不是那还应该做哪些处理呢?图片是ppt上的流程图

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