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[mRNA-seq] 青山屋主的转录组入门6-reads计数

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发表于 2017-9-4 10:49:34 | 显示全部楼层 |阅读模式

http://fbb84b26.wiz03.com/share/ ... 63iAk012b-9tU2UXRgt

以上是利用htseq软件对比对后数据进行定量的教程,很有意思的是我发现其中一个样品的所有基因的表达量比都原始文献中的要多一倍,很奇怪!



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发表于 2017-9-4 14:27:07 | 显示全部楼层
文库大小你没有考虑呀,有些样本本来就测序量比较大,reads必然多,不能说是上调的。
如果你认为GAPDH是上调,那么必然中间是有问题的。
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-9-6 09:45:17 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-9-4 14:27
文库大小你没有考虑呀,有些样本本来就测序量比较大,reads必然多,不能说是上调的。
如果你认为GAPDH是上 ...

看了其他几位的笔记,都没有SRR3589962这个样本表达升高的现象,那应该就是我在bam、sam文件转换,htseq计数中存在未知错误。
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