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[mRNA-seq] RNA-seq转录组入门(1)-mac软件安装-vvjoe

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发表于 2017-9-6 23:30:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
第一次写笔记,还没有学会用markdown,大家多多包涵哈~~~有问题或者不妥当的还烦请大家指出哈~~~

1、安装miniconda
之后按照提示点击回车,输入要安装的位置,或者输入yes
这时miniconda就安装好了,输入“conda”会显示相应的信息
查看已安装软件列表conda list
添加channels,便于一些软件的安装,分别输入,如下:
在这里查看conda中是否有需要的软件https://bioconda.github.io/recipes
需要安装的软件包括 sratoolkit,fastqc,hisat2,samtools,htseq-count,R,Rstudio
sratoolkit
介绍:sratoolkit的主要用途还是把NCBI SRASequence Read Archive)数据库中的NGS序列数据从 sra 格式转换到 fastq 格式,以便于后续的数据分析。
安装与测试:
功能简单介绍:
Frequently Used Tools:
fastq-dump: Convert SRA data intofastq format
prefetch: Allows command-linedownloading of SRA, dbGaP, and ADSP data
sam-dump: Convert SRA data to samformat
sra-pileup: Generate pileupstatistics on aligned SRA data
vdb-config: Display and modify VDBconfiguration information
vdb-decrypt: Decrypt non-SRA dbGaPdata ("phenotype data")
Additional Tools:
abi-dump: Convert SRA data into ABIformat (csfasta / qual)
illumina-dump: Convert SRA data intoIllumina native formats (qseq, etc.)
sff-dump: Convert SRA data to sffformat
sra-stat: Generate statistics aboutSRA data (quality distribution, etc.)
vdb-dump: Output the native VDBformat of SRA data.
vdb-encrypt: Encrypt non-SRA dbGaPdata ("phenotype data")
vdb-validate: Validate the integrity ofdownloaded SRA data
论坛内使用conda安装sratoolkit的两种代码:
conda install -c jfear sratoolkit
conda install -c jfearsratoolkit=2.8.1
Mac上均有问题。
更换代码即可:
conda install -c bioconda sra-tools=2.8.1   
测试prefetch –v
下载测试文件SRR390728,第一次网速不好有个文件没有下载成功,重新运行一次就可以了。
fastqc
介绍:二代测序数据质量分析软件
中文相关介绍一篇:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723
conda install –c bioconda fastqc=0.11.5
测试 fastqc #测试是否能正常打开软件
hisat2
简介:将测序结果比对到人类参考基因组上。HISAT2TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用。
conda install -c bioconda hisat2=2.1.0
测试 hisat2 –h #测试
samtools
简介:一种处理SAMBAM文件的工具软件。BAM格式文件是存放高通量测序中比对结果的标准格式文件。
安装与测试:
conda install -c bioconda samtools=1.5
samtools help #测试
htseq-count
简介:htseq-count是一款用于reads计数的软件,他能对位于基因组上的一些单位的reads数进行统计,这里所说的单位主要是指染色体上的一组位置区间(我们常见的就是gene exon
安装与测试:
conda install -c bioconda htseq=0.7.2
R
简介:一种常用语统计分析的编程语言,在生物信息分析中用于数据分析和绘图
安装与测试:
Rstudio
简介:RstudioR的集成开发环境
官网主页:https://www.rstudio.com
安装与测试:测试的时候跳出来这个图标,不知道有没有安装成功,查了好多资料也没找到解决方法,我自己觉得是我的R不是在conda里安装的,rstudio是在conda里装的,是不是环境有冲突啊?
经过大神指导,我把bioconda中的rstudio卸载,mac直接在rstudio官网https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
下载软件解压就可以了,mac里面很多软件是不需要conda的。


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