搜索
查看: 2599|回复: 2

[variation-calling] 请问使用GATK软件进行call snp,bqsr和vqsr两步生成的图像如何...

[复制链接]

1

主题

4

帖子

58

积分

注册会员

Rank: 2

积分
58
发表于 2017-9-13 12:09:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
gatk官网关于这两部分的介绍的网址在这里,看了好长时间都不太明白这两步生成的图片能用来干什么?请大神们解答一下
Base Quality Score Recalibration (BQSR):
https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article?id=44

Variant Quality Score Recalibration (VQSR):
https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article?id=39

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复

使用道具 举报

634

主题

1182

帖子

4030

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
4030
发表于 2017-9-13 19:32:27 | 显示全部楼层
他大概是想秀给你看,他们的机器学习算法有多牛吧
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
回复 支持 反对

使用道具 举报

1

主题

4

帖子

58

积分

注册会员

Rank: 2

积分
58
 楼主| 发表于 2017-9-13 20:56:30 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-9-13 19:32
他大概是想秀给你看,他们的机器学习算法有多牛吧

我现在只知道第五个图可以用来选择训练模型的参数。如果good和bed区分的很清楚,那么相应的参数就可以用来训练模型,去预测变异位点的质量。
其他的我就很迷惑了,我想问一下那您做分析的时候bqsr生成的图会看吗?还是无论如何都进行这一步分析?谢谢
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2019-5-21 15:48 , Processed in 0.032555 second(s), 24 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.