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[R] 在Ubuntu升级R版本

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发表于 2017-9-18 21:07:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 anlan 于 2017-9-18 21:11 编辑

操作系统 Ubuntu版本:14.04
升级R,从R 3.1 至3.4

  • 打开软件源文件,添加CRAN源
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    sudo vim /etc/apt/sources.list
    ##deb [url=http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu/]http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu/[/url] trusty/

    trusty/是根据你的ubuntu的版本号而改变的,比如14.04是trusty,16.04则是xenial,其他版本对应关系可查看https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html
  • 更新软件源
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    sudo apt-get update

    如果报错,比如W:gpg xxxxxx,则首先更换源试试(即更换CRAN源);如果还是报错,那就是常见的错误,需要提供公钥(The Ubuntu archives on CRAN are signed with the key of “Michael Rutter marutter@gmail.com” with key ID E084DAB9)
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

    如果上述不行的话,The issue is usually related to a firewall blocking port 11371. If the first gpg command fails, you may want to try
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E084DAB9
    gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

    一般来说应该能解决上述报错问题
  • 安装R软件
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    sudo apt-get r-base

    也可以通过命令来更新r-base and r-recommended packages
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    sudo apt-get update
    sudo apt-get upgrade
  • 如果在安装or更新的时候遇到报错:E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1),可参考一篇文章ubuntu 下出现E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    cd /var/lib/dpkg
    sudo mv info/ info.bak
    sudo mkdir info

    从/var/lib/dpkg目录下再新建个info文件夹,保留原来的info文件夹
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    sudo apt-get update
    sudo apt-get -f install r-base
    sudo mv info/* info.bak

    在安装r-base后会在info文件夹中产生一些文件,现将这些文件移到原来的info文件夹中(即info.bak文件夹)
    [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    sudo rm -rf info
    sudo mv info.bak info

    移除新建的info文件夹,将info.bak改名为info

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