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[mRNA-seq] WGCNA软阈值选择

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发表于 2017-9-18 22:17:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
大神们,本人生信初学者,自学WGCNA,在确定最佳软阈值时,做出这个图,却不知道右图是什么意思,在看一些教程的时候,知道左图是用来确定最佳软阈值的,但是右图呢?在确定最佳软阈值有什么用吗?谢谢啦~

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发表于 2017-9-19 14:18:19 | 显示全部楼层
理解 pickSoftThreshold函数及其返回的对象,最佳的beta值就是 sft$powerEstimate
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 楼主| 发表于 2017-9-19 18:31:20 | 显示全部楼层
bioinfotrainee 发表于 2017-9-19 14:18
理解 pickSoftThreshold函数及其返回的对象,最佳的beta值就是 sft$powerEstimate

好的,好难,不过我去试着理解理解,那如果针对上面这种情况,softpower选6是吗?
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发表于 2017-9-20 08:55:16 | 显示全部楼层
右图看平均连接度啊,soft power 越大,平均连接度越小,这不是很好理解嘛
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 楼主| 发表于 2017-9-20 17:17:16 | 显示全部楼层
尚目目 发表于 2017-9-20 08:55
右图看平均连接度啊,soft power 越大,平均连接度越小,这不是很好理解嘛

谢谢回复,那选择softpower,是不是也要参考右面平均连接度呢?比如这个例子,在softpower=6时,就已经达到要求,但是右面平均连接度却很高,这个。。。。
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发表于 2017-9-21 09:05:19 | 显示全部楼层
鹏洛克贾路 发表于 2017-9-20 17:17
谢谢回复,那选择softpower,是不是也要参考右面平均连接度呢?比如这个例子,在softpower=6时,就已经达 ...

我觉得只是参考作用吧,让你选 power 的时候知道连接度大概是多大,因为有的时候恰好你要选择的阈值附近连接度大幅下降甚至刚好下降到连接度很小(意味着基因间相关性低),这个时候可能就要试着选择附近的更加合适的 power 值了。一点个人看法。
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 楼主| 发表于 2017-9-21 16:26:50 | 显示全部楼层
尚目目 发表于 2017-9-21 09:05
我觉得只是参考作用吧,让你选 power 的时候知道连接度大概是多大,因为有的时候恰好你要选择的阈值附近 ...

多谢,受益匪浅
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