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不同的检测应用策略

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发表于 2017-9-24 22:55:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
技术的进步,为罕见病患者的诊断带来了福音。过去的一代测序技术只能检测单个基因,而近年来二代测序(NGS)技术的成本大幅降低,使得我们有可能用相对可接受的费用(几千元到一万多元)检测更多的基因——从几十、几百个基因的小panel,到全部2万个基因的全外显子、准全基因组、全基因双组学,甚至能一次检测患儿和其父母三个人(核心家系策略,trios),从而能使得诊断的阳性率不断提升。
可以预期,基因测序成本还会不断降低,但整个基因检测分析的成本不太可能会一路降低,因为随着测序范围的加大,数据分析的成本在增加。人类基因组的测序成本可以从一千美元降到一百美元,但分析成本不可能降到零。
想要获得更高的阳性检出率,那检测范围就要更加全面,以避免漏检。而检测范围越全,数据量越大,测序和分析的成本就会越高。
那现在问题来了,对于疑难诊断病例,我们究竟是应选择便宜的低检出率的策略(如小PANEL),还是应该选择高阳性检出率但贵一些的策略(如全外显子或全基因组)呢?
最近《JAMA  Pediatric》发表了一篇来自澳大利亚的研究,来对比不同的检测应用策略给患者带来的医疗费用的差别。研究者将44名患儿分成以下几组:
第一组是最激进的,只要是疑难病例,不论是否怀疑遗传病,上来就做全外显子;
第二组是相对保守的,是只对怀疑遗传病的查基因,做全外显子;
第三组是更保守的,是只对怀疑是遗传病的查基因,而且务必先做Panel,只有Panel结果为阴性才再做全外;
第四组是最保守的,只对怀疑遗传病的查基因,而且只做Panel,绝不做全外显子;

研究者统计了每一组患者做基因检测的总费用,以及获得阳性诊断患者的例数,最终得到这样的结论:



最激进的那一组,不论是否怀疑遗传病,都上来就做全外显子的,尽管全外价格比Panel要贵,但总体基因检查费用却是最低的!因为Panel策略存在漏检,阴性的结果需要再换Panel或全外检测,总体费用反而更高!
说到这里小智要插一句,全外比Panel贵,在澳洲是这样,在中国过去几年是这样,但现在中国的有些实验室的全外价格已经和有些Panel差不多甚至倒挂了。
从前三组的比较来看,越保守的策略,其患者的平均基因检测费用反而越高。第二组和第三组,在中国其实是非常普遍的,医生希望只给怀疑遗传病的患者做基因检查,而且要分步实施,先做针对性的检查(例如Panel),如果是阴性结果再考虑换一个全面一些的检查(例如全外显子),医生的本意是想为患者省钱,但最终的结果竟然是让患者多掏了钱。
第四组,坚决不做全外显子而只做Panel的,平均费用貌似比第三组低些,但这组的患者竟然均未得到确诊,阳性率是0!从这个角度来说,这一组貌似花费低一些,但却是毫无意义的,这才是真正浪费了患者的钱财。
在国内甚至经常见到一次让患者做N多个Panel的情况,这N多个Panel的价格加起来已经远超全外显子了,更要命的是这些Panel即便加一块,其检测范围仍然远不及全外显子。这种做法就很难说本意是为患者省钱了,很有可能是医生根本不知道世间还有全外这种策略。
第一组和第二组的差别显示出,很多遗传病并不是容易被一眼看出来的,而且很多遗传病患者并没有家族史,如果仅凭患者临床特征像不像医生所熟知的遗传病、或仅凭有没有家族史,而怀疑是否是遗传病,才决定是否做基因检测,会存在诊断的遗漏,最终体现为患者要为最终确诊而支付更高的无谓的医疗费用。因此,对凡是诊断不清的疑难病例,无论像不像医生熟知的遗传病,无论患者是否有家族史,都应考虑遗传病的可能,都应做基因检查,而且只要经济状况允许,都应选择最好的NGS策略。
上述统计的只是医学诊断的费用,还没有包括最前面社区诊疗,以及确诊之后的治疗费用。想象一下反复试错的Panel模式,给这类疑难病例的患者带来的不仅仅是诊断费用的提高,更可怕的是诊断周期的延长,诊断的延误而带来的病情的延误,以及错误治疗带来的不良后果,还有未能确诊(或误诊)期间所带来的医疗费用,更不要说辗转各地求医问药的旅途费用和精神折磨。
常有人认为诊断不值钱,治疗才有价值,所以不应该在诊断上多花钱。遗传病表型复杂,仅通过临床特征来诊断是非常困难的,而一旦借助基因检查诊断清楚了,有些疾病的治疗其实很简单也很便宜,比如有些神经系统疾病,或某些遗传代谢病、内分泌疾病,用非常便宜的药物就可以得到很好的治疗。于是有些人不免会有这样的想法,治疗都这么便宜,何必花这么多钱查基因?但问题是,如果没有前面的基因检查来帮助确诊,谁会意识到要用这种治疗方法呢?

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