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jimmy大神,5行代码搞定GEO学习总结版,代码的一点疑问

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发表于 2017-9-26 16:13:25 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 quan1912 于 2017-9-27 20:10 编辑

这是jimmy大神的原帖,5行代码搞定GEO学习总结版,全程无尿点
http://www.biotrainee.com/forum. ... id=612&fromuid=2929
(出处: 生信技能树)


在学习大神的代码,对于代码有一些问题请教

#首先获得了pdata数据
pdata=pData(eSet[[1]])
#这一行代码的大概意思是在title里面用空格将文字分开,然后选择了第一组
group_list=factor(unlist(lapply( pdata$title ,function(x) strsplit(as.character(x)," ")[[1]][1])))
#这是在第一组里面选择了normal作为对照组
group_list=relevel(group_list,'Normal')

我的问题是如果我有3组数据,只想计算其中的两组如何实现呢?自己想了好久,希望大神能帮助解惑,不胜感激!






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发表于 2017-11-6 10:44:36 | 显示全部楼层
limma包中有makeContrasts()函数,用这个来设计不同的分组比较。
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 楼主| 发表于 2017-11-20 22:28:56 | 显示全部楼层
渊梦无痕 发表于 2017-11-6 10:44
limma包中有makeContrasts()函数,用这个来设计不同的分组比较。

好的,谢谢指教,我来学习一下
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