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关于limma和affy进行芯片差异表达分析问题

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发表于 2017-9-26 16:13:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位前辈:
在下新接触R的小白一枚,遇到问题实在找不到解决办法,冒昧前来请教
我用affymetrix表达芯片,
affy.data <- ReadAffy(celfile.path = "E:\\celfiles")
没啥问题
eset.rma <- rma(affy.data)
这步输入后,安装了一堆东西,然后出现了以下提示:
installing the source package ‘porcinecdf’

trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.5/data/annotation/src/contrib/porcinecdf_2.18.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1869361 bytes (1.8 MB)
downloaded 1.8 MB

'C:\Program' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序
或批处理文件。

The downloaded source packages are in
        ‘C:\Users\Administrator.T3R1UZ73V5WD42F\AppData\Local\Temp\RtmpML7Gvs\downloaded_packages’
Error in getCdfInfo(object) :
  Could not obtain CDF environment, problems encountered:
Specified environment does not contain Porcine
Library - package porcinecdf not installed
Library - package porcinecdf not installed
In addition: Warning messages:
1: running command '"C:/Program Files/R/R-3.4.1/bin/i386/R" CMD INSTALL -l "C:\Program Files\R\R-3.4.1\library" C:\Users\Administrator.T3R1UZ73V5WD42F\AppData\Local\Temp\RtmpML7Gvs/downloaded_packages/porcinecdf_2.18.0.tar.gz' had status 1
2: In install.packages(cdfname, lib = lib, repos = biocinstallRepos(),  :
  installation of package ‘porcinecdf’ had non-zero exit status

请教各位大神,这该如何解决啊?
不胜感激



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发表于 2017-9-26 18:44:24 | 显示全部楼层
Library - package porcinecdf not installed


还不够具体?先把这个包装上。
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 楼主| 发表于 2017-9-27 08:48:10 | 显示全部楼层
尚目目 发表于 2017-9-26 18:44
还不够具体?先把这个包装上。

下面提示就是这个包装不上,而且网上还搜不到这个包
请问有别的办法装吗?

多谢多谢
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发表于 2017-10-8 17:38:12 | 显示全部楼层
换管理权限启动R或Rstudio再重新安装试试。
用bing或者谷歌搜索。
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