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[mRNA-seq] 关于 StringTie 的estimate transcript abundance

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发表于 2017-9-26 21:30:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
我在运行 StringTie 的 estimate transcript abundance 步骤时出现了 如下的错误提示
GFF Error: overlapping duplicate transcript feature (ID=gene38119)
我运行的命令如下,bogon:stringtie-1.3.3b.OSX_x86_64 apple$ ./stringtie -e -B -p 8 -G string_merged_At.gff -o /Users/apple/biotools/Ballgown/SRR221833/SRR2221833.gff /Users/apple/biotools/samtools-1.5/SRR222833.bam
希望哪位朋友予以解答!多谢了!




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发表于 2017-9-27 09:56:22 | 显示全部楼层
换个参考注释吧
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 楼主| 发表于 2017-9-28 05:41:17 | 显示全部楼层
谢谢提醒,问题已解决,和参考注释文件没有关系。
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发表于 2018-6-22 11:23:48 | 显示全部楼层
cannon_2008 发表于 2017-9-28 05:41
谢谢提醒,问题已解决,和参考注释文件没有关系。

请问如何解决的?是更新了stringtie的软件吗
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