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[peaks-calling] ChIP的input也能call出peak来怎么办?

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发表于 2017-9-27 17:03:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
做的ChIPseq,input也能call出200个peak;实验组也能call出200个peak,怎么回事啊?有人遇到过类似的情况吗?
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发表于 2017-9-27 20:59:00 | 显示全部楼层
这个现象很正常,至于为什么,你需要好好了解原理。
而且我分析某些公共数据,input的peak甚至比ip还夸张
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-9-28 15:39:37 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-9-27 20:59
这个现象很正常,至于为什么,你需要好好了解原理。
而且我分析某些公共数据,input的peak甚至比ip还夸张 ...

这是很正常而且很常见的现象吗?我目前想到的就是ChIP样品的基因组本身是存在peak的,input就揭示了这一点。至于为什么用抗体ChIP后没有对相应的peak进行理想的富集,只能怀疑抗体的效率了吗?
求指点啊~Jimmy
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 楼主| 发表于 2017-10-1 08:39:15 | 显示全部楼层
刘永鑫 发表于 2017-9-30 07:32
正常,Input是作背景,排除假阳性的。基因组上有很多区域,如重复序列,测序不完整区域,很容易出现peaks ...

哦哦 测序不完整区域是指测序深度不够吗?
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 楼主| 发表于 2017-10-2 11:34:14 | 显示全部楼层
刘永鑫 发表于 2017-10-1 09:18
不是,是基因组不完整,没测出来的。有些区域,再深也测不到,技术限制。 ...

哦哦 好的 O(∩_∩)O谢谢啦
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