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比对工具代码大全

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发表于 2017-9-27 20:54:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
当然,这里我肯定不会直接就列全了,只是测试了5个。
[Shell] 纯文本查看 复制代码
hisat='/home/jianmingzeng/biosoft/HISAT/current/hisat2';
star="/home/jianmingzeng/biosoft/STAR/STAR-2.5.3a/bin/Linux_x86_64/STAR";
subjunc="/home/jianmingzeng/biosoft/featureCounts/subread-1.5.3-Linux-x86_64/bin/subjunc";
tophat2="/home/jianmingzeng/biosoft/TopHat/current/tophat2";
bowtie="/home/jianmingzeng/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2";
hisat2_mm10_index='/home/jianmingzeng/reference/index/hisat/mm10/genome'; 
star_mm10_index='/home/jianmingzeng/reference/index/star/mm10/'; 
subjunc_mm10_index='/home/jianmingzeng/reference/index/subread/mm10'; 
bowtie2_mm10_index='/home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/mm10';
bwa_mm10_index='/home/jianmingzeng/reference/index/bwa/mm10';
fq1=SC2-01_S1_L002_R1_001.fastq.gz
fq2=SC2-01_S1_L002_R2_001.fastq.gz
sample=SC2-01_S1_L002 
$hisat -p 5 -x $hisat2_mm10_index -1 $fq1 -2 $fq2 -S $sample.sam 2>$sample.hisat.log
samtools sort -O bam -@ 5  -o ${sample}_hisat.bam $sample.sam
$subjunc -T 5  -i $subjunc_mm10_index -r $fq1  -R $fq2 -o ${sample}_subjunc.bam
## 很有趣,虽然subjunc直接输出bam,但是是按照reads名字排序,不是按照基因组坐标排序。
bwa mem -t 5 -M  $bwa_mm10_index $fq1 $fq2 1>$sample.sam 2>/dev/null 
samtools sort -O bam -@ 5  -o ${sample}_bwa.bam $sample.sam
$bowtie -p 5 -x $bowtie2_mm10_index -1 $fq1  -2 $fq2 | samtools sort  -O bam  -@ 5 -o - >${sample}_bowtie.bam
## star软件载入参考基因组非常耗时,约10分钟,也比较耗费内存,但是比对非常快,5M的序列就两分钟即可
$star --runThreadN  5 --genomeDir $star_mm10_index --readFilesCommand zcat --readFilesIn  $fq1 $fq2 --outFileNamePrefix  ${sample}_star 
## --outSAMtype BAM  可以用这个参数设置直接输出排序好的bam文件
samtools sort -O bam -@ 5  -o ${sample}_star.bam ${sample}_starAligned.out.sam

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