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IMMGEN

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发表于 2017-10-6 15:32:11 | 显示全部楼层 |阅读模式

这是一个免疫相关的生物信息分析网站。针对免疫相关的基因、细胞等等。
每个图片上的小问号就是帮助。
1. gene skyline
可以查看某一基因在免疫细胞中的表达。我们可以尝试搜索一下比较热门的PD-1。其基因名称为PDCD1。在红色框内输入基因。其他条件默认,点击execute即可得下图。关键免疫细胞亚群该基因的表达。
左侧是表达水平,鼠标移动到任一条均可以显示出详细的描述和样本信息。右侧为基因的相关信息。包括:探针、gene symbol、 并且可以链接到GO和KEGG数据库。非常方便。
data group和search框内还可以更改搜索的类型,可以根据自己需要进行更改。更改更为精确的细胞亚群会显示更多的细分的细胞亚型。
2. differentialsplicing
可变剪切。直接跳转到UCSCgenome browser ,注意是小鼠mm9的版本。
3. gene  constellation
能够查询相关基因相互关系。
比如我们可以先选择αβ T cell,选择在search中输入FoxP3。可得与其相关的26个基因。以及注释信息。
4. modules andregulates 查询基因或者转录因子或者细胞中的相互调节的关系。
还是FoxP3输入。会输出表达矩阵。可以从中发现有调节关系的基因,下面会有更详细的信息。
5. gene expressionmap有点类似于免疫细胞专用的基因组washU browser。
6. RNA-seq也是直接链接到UCSC。
7. populationcomparison
比较不同种类免疫细胞之间的基因表达。
可以直接将左侧列表中的细胞亚类型拖到GroupA或B中,提交后会显示差异基因。
点击差异基因的skyline会显示注释信息等。

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