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[mRNA-seq] [新手]关于学习y叔的clusterprofiler的gsego分析,有一些疑问

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发表于 2017-10-12 14:10:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
学习y叔的clusterprofiler,心说示例给出的CC注释,我就试试MF注释把,结果:
> gsecc <- gseGO(geneList=geneList, ont="MF", OrgDb=org.Hs.eg.db, verbose=F)
#no term enriched under specific pvalueCutoff...
试了很多次都是这样的结果
接下来试试BP:
> gsecc <- gseGO(geneList=geneList, ont="BP",OrgDb=org.Hs.eg.db, verbose=F)
是可以的,对GO:0007009做图(附件)

用网上公开的一批拟南芥数据(GSE44062)进行测试,GO和KEGG富集分析都是可以进行的,到了gseGO分析也是这样的结果:
> gsemf<-gseGO(geneList=genelist,ont="BP",keyType="ENTREZID",OrgDb=org.hs,verbose=F)
#no term enriched under specific pvalueCutoff...
> gsemf<-gseGO(geneList=genelist,ont="CC",keyType="ENTREZID",OrgDb=org.hs,verbose=F)
#no term enriched under specific pvalueCutoff...
> gsemf<-gseGO(geneList=genelist,ont="MF",keyType="ENTREZID",OrgDb=org.hs,verbose=F)
#no term enriched under specific pvalueCutoff...
这里面的genelist和y叔给出的示例geneList格式是一样的,连genename我都特意用bitr函数改成了ENTREZID格式

这是为什么呢..?

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发表于 2017-10-31 19:29:31 | 显示全部楼层
应该就是真的 MF 没有富集到结果吧,你再试试改 p 值到 1 有没有结果就知道了
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