搜索
查看: 2110|回复: 0

[CHIP-seq] enhancer 的定义与活性高低标准讨论

[复制链接]

5

主题

18

帖子

96

积分

注册会员

Rank: 2

积分
96
发表于 2017-10-14 01:56:15 | 显示全部楼层 |阅读模式
enhancer是一段DNA序列,对于组织特异性enhancer, 在其他的细胞中可能根本没有增强转录的活性,所以不可以以DNA序列来定义enhancer。 EnCODE选择使用 H3K4me1/H3K27ac两个组蛋白修饰的同时存在定义有活性的enhancer, 实际上有三个问题:
1. false negative:  Richard Young是第一个提出H3K27ac可以作为active enhancer的人,在其开创性的PNAS文章中,发现部分enhancer 只有H3K27ac, 却没有H3K4me1.

2. false positive: 对具有H3K4me1/H3K27ac两个组蛋白修饰的enhancer进行体内验证时,发现不少没有活性或者活性很低。后来才知道, enhancer 达到完全活性需要转录产生enhancer RNA, 帮助loop到targte gene promoter. 也就是说, H3K4me1/H3K27ac两个组蛋白修饰不足以驱动基因表达。

3. DNA 甲基化的 crosstalk.

4. 位置效应: genic enhancer vs. enhancer located in gene body

写在这里是为了提醒大家: ENCODE的enhancer  标志并非准确,进行数据分析时请小心。



上一篇:不同脑神经元细胞的single cell DNA methylome(灌水帖)
下一篇:ENCODE vs. NIH Roadmap EPigenomics Consortium
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2019-5-21 15:54 , Processed in 0.026897 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.