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GO/KEGG的网页工具

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发表于 2017-10-20 23:49:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
总会有人不想学习编程。

Onto-Tools进行的功能富集分析描述。(PMID: 25712376)

Functional analysis

To evaluate thepotential functions of the gene list, we performed ontological analysis of DEgenes. The Onto-Express (OE) (http://vortex.cs.wayne.edu/ontoexpress), a web-based program, was used to perform the gene ontology (GO)enrichment analysis using hypergeometric tests. The pathway was analyzed by theKyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) (http://www.genome.ad.jp/), as well as by Pathway-Express, another application in the Onto-Toolsdatabase.


接下来对其实现过程进行实操:
1.进入网站,注册(http://vortex.cs.wayne.edu/projects.htm)。




2. 注册后浏览器会提示安装java,根据提示操作即可



3.接着会弹出窗口,选择Onto-Express进行GO分析,Pathway-Express进行pathway分析。



4.以pathway分析为例,输入差异基因列表。(基因列表黏贴到一个新建的txt文档)



5.当然在高级选项里选择文献中设定的分布类型为hypergeometric ,即默认。



6.最终提交到服务器,运行几分钟就可到结果。(需联网)



7.具体点击某通路可连接到KEGG数据库。



8.一般文章中最终结果会展示成表格或者类似以下这样的图:



9. 那最终得到这样的结果有什么意义呢?首先在于全局性地了解这些差异分子可能影响到生物功能,提供新的研究方向。其次,缩小了研究范围,从几千几百个差异分 子到几十个功能通路富集的重要分子。最终验证和解释实验结果,如果通路分析和预期功能实验相符,那就能从分子水平上进一步验证和解释功能现象



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