Illumina HumanMethylation450 BeadChip (甲基化450k芯片) 预处理初探

anlan · 发表于 2017-12-17 22:19:21

多谢总结，接下来学习学习

anlan · 发表于 2018-1-19 10:18:18

anlan 发表于 2017-12-17 22:19
多谢总结，接下来学习学习

请问下，有的文献中筛选差异甲基化位点，其中一个指标是：differential DNA methylation of > 25%或者|β-Difference|>0.2，这指标的含义是两组样本的平均beta值的差值的绝对值要大于0.2或者0.25的意思吗？

旭日早升 · 发表于 2018-1-26 12:41:16

anlan 发表于 2018-1-19 10:18
请问下，有的文献中筛选差异甲基化位点，其中一个指标是：differential DNA methylation of > 25%或者|β- ...

是的，绝对差值的阈值

anlan · 发表于 2018-1-27 14:16:21

旭日早升发表于 2018-1-26 12:41
是的，绝对差值的阈值

嗯感谢

徐佳圆 · 发表于 2018-3-13 10:55:03

楼主，我现在分析的是850K 数据，想要下一步做mqtl，需要得到每个probe的beta值，champ包的normalization之后自动生成了CHARMP_NORMALIZATION文件夹，但是文件夹里面是空的，我该如何提取每个probe的 beta值呢？期待回复

jiping1023 · 发表于 2018-4-12 16:23:21

楼主，我现在处理illumina 甲基化芯片（27k），不是450k，您能告诉我读取数据用那个包吗？前处理和450k用的包一样吗？

elaine2017 · 发表于 2019-3-1 16:56:42

请问一下champ这个包的基因组版本是hg19，如果我想用hg38应该怎么办呢

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