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楼主: 旭日早升

Illumina HumanMethylation450 BeadChip (甲基化450k芯片) 预处理初探

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发表于 2017-12-17 22:19:21 | 显示全部楼层
多谢总结,接下来学习学习
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发表于 2018-1-19 10:18:18 | 显示全部楼层
anlan 发表于 2017-12-17 22:19
多谢总结,接下来学习学习

请问下,有的文献中筛选差异甲基化位点,其中一个指标是:differential DNA methylation of > 25%或者|β-Difference|>0.2,这指标的含义是两组样本的平均beta值的差值的绝对值要大于0.2或者0.25的意思吗?
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 楼主| 发表于 2018-1-26 12:41:16 | 显示全部楼层
anlan 发表于 2018-1-19 10:18
请问下,有的文献中筛选差异甲基化位点,其中一个指标是:differential DNA methylation of > 25%或者|β- ...

是的,绝对差值的阈值
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发表于 2018-1-27 14:16:21 | 显示全部楼层
旭日早升 发表于 2018-1-26 12:41
是的,绝对差值的阈值

嗯 感谢
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发表于 2018-3-13 10:55:03 | 显示全部楼层
楼主,我现在分析的是850K 数据,想要下一步做mqtl,需要得到每个probe的beta值,champ包的normalization之后自动生成了CHARMP_NORMALIZATION文件夹,但是文件夹里面是空的,我该如何提取每个probe的 beta值呢? 期待回复
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发表于 2018-4-12 16:23:21 | 显示全部楼层
楼主,我现在处理illumina 甲基化芯片(27k),不是450k,您能告诉我读取数据用那个包吗?前处理和450k用的包一样吗?
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发表于 2019-3-1 16:56:42 | 显示全部楼层
请问一下champ这个包的基因组版本是hg19,如果我想用hg38应该怎么办呢
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