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从裸藻的RNA-seq找到裸藻线粒体的基因组

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发表于 2017-11-15 10:32:25 | 显示全部楼层 |阅读模式
从裸藻的RNA-seq找到裸藻线粒体的基因组,  有这类的帖子或者文章吗 ?     Recovering complete mitochondrial genome sequences from RNA-Seq: A case study of Polytomella non-photosynthetic green algae    这篇文章上有写,但是不具体



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发表于 2017-11-15 21:48:39 | 显示全部楼层
你这篇文章搜不到呀。植物线粒体基因种类差异还是挺大的,我记忆中藻类线粒体测了不少了,你可以找裸藻的基因组,或者近源物种线粒体基因组作为参考基因进行分析。如果要是找特异性orf(线粒体注释中一般都没注释),最好将测序材料的基因组测一下,orffinder查询新的orf。具体信息可以看Using plants to elucidate the mechanisms of cytonuclear co-evolution。
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 楼主| 发表于 2017-11-16 14:39:17 | 显示全部楼层
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pub ... nthetic+green+algae    NCBI上一搜就用了。 导师就给了篇文章, 从裸藻的RNA-seq找到裸藻线粒体的基因组 。 但是我现在还是个新手,RNA-seq的帖子快学完了
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