搜索
查看: 1089|回复: 1

[expression-profile] clusterprofier的enrichgo输出ego为什么会是空的??

[复制链接]

12

主题

25

帖子

188

积分

注册会员

Rank: 2

积分
188
发表于 2017-11-16 16:09:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
命令:ego<-enrichGO(gene = t,universe = genes,OrgDb=org.Hs.eg.db,ont ="MF",pAdjustMethod = "BH",pvalueCutoff  = 0.01,qvalueCutoff  = 0.05,readable = TRUE)
没报错,但是ego是空的?这又什么条件需要改??
回复

使用道具 举报

634

主题

1182

帖子

4030

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
4030
发表于 2017-11-17 11:52:31 | 显示全部楼层
pvalueCutoff  = 0.01,qvalueCutoff  = 0.05, 这个参数你是需要修改的,默认只输出显著富集的go
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2019-6-20 20:14 , Processed in 0.027002 second(s), 25 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.