搜索
查看: 2354|回复: 0

根据距离矩阵构建进化树

[复制链接]

3

主题

25

帖子

454

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
454
发表于 2017-11-17 19:58:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
生物信息学课程作业有一道题目是根据距离矩用UPGNA法构建系统发育树
百度搜索到一个教程 可以用R语言的ape包来做,但是他的教程里的做法好像不是UPGMA法
(教程链接http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-724117.html
既然知道ape包可以做然后就在google搜索ape包的教程,非常幸运的找到了一个教程
http://www.molecularecologist.co ... tree-building-in-r/
但是没有找到教程里所用数据的下载地址,没有完整重复教程的内容,但是从距离矩阵到系统发育树构建这部可以完成,所以记录一下和大家分享
用到的三个R语言包 ape  phangorn seqinr
ape  ape provides functions for reading, writing, manipulating, analysing, and simulating phylogenetic trees and DNA sequences, computing DNA distances,           translating into AA sequences, estimating trees with distance-based methods, and a range of methods for comparative analyses and     analysis of    diversification. Functionalities are also provided for programming new phylogenetic methods.
phangorn    Phylogenetic analysis in R (Estimation of phylogenetic trees and networks using Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Distance methods &    Hadamard conjugation)
seqinr     Exploratory data analysis and data visualization for biological sequence (DNA and protein) data. Include also utilities for sequence data management    under the ACNUC system.
#以下是用到的代码
install.packages(“ape”)
install.packages("phangorn")
install.packages("seqinr")#安装三个包
library(ape)
library(phangorn)
library(seqinr)#加载三个包
M2<-read.table("clipboard",header=T)#将距离矩阵数据复制到剪切板然后读入

M2<-as.matrix(M2)#将M2转换成矩阵格式
MM2<-upgma(M2)
plot(MM2,main="UPGMA")#UPGMA法构建树

MMM2<-NJ(M2)
plot(MMM2,main="Neighbor Joining")

以上过程只是简单完成了作业中根据距离矩阵用UPGMA法构建系统发育树,虽然能够完成,但是还是有许多不太明白的地方,需要继续仔细看一下
phangorn 好像是进化分析这块新出的一个包,有时间的话要仔细看一下

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x



上一篇:GeneSense一个PPI在线互作网络
下一篇:VariantAnnotator找出vcf文件中的missense和nonsense数量
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2019-4-26 10:47 , Processed in 0.031199 second(s), 27 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.