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[function-annotation] VariantAnnotator找出vcf文件中的missense和nonsense数量

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发表于 2017-11-17 22:58:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
我通过annova对mutect_variants.vcf文件进行了annotate,得到了mutect_variants_anno.variant_function和mutect_variants_anno.exonic_variant_function两个文件,请问如何使用GATK中的VariantAnnotator来找出mutect_variants.vcf种的missense和nonsense数量?谢谢!
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发表于 2017-11-18 16:35:47 | 显示全部楼层
missense和nonsense数量并不一定需要GATK中的VariantAnnotator,你太执着于工具本身了,反而忽视了概念
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