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[linux] Trinity安装翻车过程!!!

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发表于 2017-11-21 17:08:53 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 公子不要脸 于 2017-11-21 17:08 编辑

Trinity这个软件我觉得不需要更多的介绍了,安装过程也不外乎两种 1-tar.gz编译安装;2-conda install trinity (刚开始的时候,我也是个微笑脸)!前排提示,本文建议有一定计算机基础的同学阅读!

######################(这是一个分割线)################################
  好的,接下来让我来告诉你们什么叫,所有的现世安稳都是有人替你负重前行!(别问我为啥字体都变了):
0、前言:我的Trinity崩了,第一次是Trinity提示无法联网检查升级。。。conda uninstall trinity ,然后,conda install Trinity ==> condaHTTP error!我回头又查了一波反馈信息,槽点瞬间爆炸:HTTP errors are often intermittent!重装miniconda。。。。
1、突然接到一个老师的转录组数据,说是可以给我练练手,心头一动~这是一个天命圈啊,正好要学,提前准备好了一系列软件。。。fastqc-pass!让我们直接Trinity吧!然后。。。。
gcc错误.jpg
在经历过各种凌乱之后,我想起本科老师说过,所有的报错都是有的放矢!好吧,我们仔细看,有这么两句:
报错.png
这两句里路径有被标黄的not found,这个是一个基础标准库的路径--gcc库,大家有的时候安装程序包的时候,就会使用make && make install ,这两个命令就会调用这个标准库(就像R语言的包一样),这个库现在更新到了7.1了,但是。。。我们实验室的服务器还是4.8....就是这个刁民!即使使用conda install Trinity,还是使用不了!没办法,更新吧!(参考这个大腿的教程

①因为gcc是标准库,而且是全局使用(就是整个服务器都要用到)所以需要root权限,还要安装一些依赖包:
[Shell] 纯文本查看 复制代码
yum groupinstall "Development Tools"
yum install glibc-static libstdc++-static

②下载gcc的包,因为我才4.8,所以没有一次性更新的太多,gcc的下载链接http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/,然后编译安装
[Shell] 纯文本查看 复制代码
tar -xvf gcc-5.4.0.tar.bz2
cd gcc-5.4.0
./contrib/download_prerequisits
mkdir build
cd build
../configure --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib
make(建议不要使用make -j来编译,虽然可以缩短编译时间,但极大可能会编译失败)
make install

      期间会下载一些环境包,然后。。。你可以选择去吃个鸡,或者开个黑,或者看个剧了,可能需要很久,我的大概是三个小时,毕竟单线程,我选择去想办法下载nr库了。之后编译结束后,可以直接 gcc -v查看gcc版本,我不是很懂为啥不能用yum update直接更新。
2、gcc装好了,我的天命圈又回来了?不,孟子曰过的东西向来很灵!又崩了mmp!好了,冷静冷静!我们继续来看报错!
  samtools:error  while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory 这特么又是为啥,这特么又是啥!我是谁,我在哪,我为啥要修这些错!傻媳妇说,这种时候要抱着我有五百亿的心态重新振作,上一个是标准库,这一个是共享库。。。查了整个中午的百度之后,我发现这个库。。。是samtools配套的东西,其他的计算和编译使用不到的,所以。。。(原网站是这个→)大神是这么说的
[Shell] 纯文本查看 复制代码
sudo yum install bzip2-devel
conda install -c conda-forge -c bioconda samtools bzip2

反正我是管用了,这个biostar的网站对于生信学者真的是个好东西,反正我注册了!
###############这是一个很开心的分割线###################################
希望接下来我的组装and注释过程顺利~大吉大利!总有一天鸡会吃到的!




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 楼主| 发表于 2017-11-21 17:11:08 | 显示全部楼层
这里补充一下:一般这种问题都会在系统安装或者系统升级的时候会遇到一些基础库的问题,或者在公司里有专门的人在做服务器的维护,也会提前解决这些问题,所以。。。。一般是不用太纠结这些问题,不过实验室里有服务器或者工作站的时候,还是希望诸位自己注意
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发表于 2017-11-23 14:34:32 | 显示全部楼层
楼主我也遇到过gcc版本低无法运行c++11标准的内容,同上,我没有服务器的root权限,我尝试过下载高版本gcc但是make时候提示权限不足。

我的疑问是,能否有一种解决方案来用gcc运行c++11标准的内容,可以像anaconda安装的python一样,非常方便的pip装包?

感谢分享~
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 楼主| 发表于 2017-11-24 15:04:25 | 显示全部楼层
xuehzh95 发表于 2017-11-23 14:34
楼主我也遇到过gcc版本低无法运行c++11标准的内容,同上,我没有服务器的root权限,我尝试过下载高版本gcc ...

      你可以指定gcc的安装位置,因为gcc安装的时候默认安装到root根目录下的文件夹里,所以会要求使用root权限,目前为止,我翻遍了百度和谷歌也没有一个可以直接用简单指令完成升级的。
      具体的安装过程你可以参考这个帖子“无root权限安装gcc”,不过,一般来说,gcc这种基础标准库本来就应该全局升级,要不然很多东西都用不了,root权限本身就应该担负起维护系统的责任,所以。。。我还是安利你去了权限人员聊一聊,让他来升级,这个帖子我看了一下,还是比较折腾的。
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发表于 2017-11-24 20:58:17 | 显示全部楼层
公子不要脸 发表于 2017-11-24 15:04
你可以指定gcc的安装位置,因为gcc安装的时候默认安装到root根目录下的文件夹里,所以会要求使用ro ...

好的,您的回答很详细,对我很有帮助,非常感谢~
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