宏基因组分析软件大全

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1~2：宏基因组分析必备-Megan、VSEARCH
3~4：花式寻找差异的灵犬-STAMP、LEfSe
5~7：进化树界的三辆马车-ITOL、GraPhlAn、ggtree
8：自由绘图的利器-Cytoscape
9：序列拼接界的超级玛丽-PANDAseq
10：环形基因组可视化的圆满缔造者-CGView
11：优雅的小提琴图绘制者-Python

01
Megan


下载地址：http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan6/

Megan是一款非常简单好用的宏基因组分析软件。

它易于使用，所有功能都可以通过菜单、工具栏和图形实现，不需要使用者具备脚本技术。它功能强大，能够处理包含大量reads的数百个样本。

它分析全面，可以进行物种注释、物种和功能的PCoA分析、稀释曲线、SEED分析、KEGG分析、COG/eggNOG分析等等。

02
VSEARCH



下载地址：https://peerj.com/preprints/2409/

作为生信分析的常用软件，usearch在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等序列操作有非常重要的作用。但其64位版需要付费，因此当面对序列体积超过4GB的分析工作时，部分工作者没有了更多的选择。

而vsearch是一款开源软件，其64位版本也不必付费，这意味着使用者可以利用它来搭建宏基因组分析平台，在处理大数据量的序列搜索聚类时也可以游刃有余。

03
STAMP


下载地址：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP

STAMP软件是一款可以进行组间差异分析的强大软件。

之所以说它强大，有三点原因：

①几乎适用所有的组间差异分析，可以是界门纲目科属种的多层级物种差异，也可以是基因表达差异、功能差异等单层级的差异；

②分析手段十分多样，如PCA散点图、聚类热图、差异条形图等；

③操作简单易学。

04
LEfSe



下载地址：https://bitbucket.org/nsegata/lefse/downloads/

LEfSe软件用于发现两组或两组以上的biomarker，主要是通过非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验来实现的。

它强调统计意义和生物相关性。分析优点在于，可以同时将不同分类水平（门、纲、目、科、属）上的差异微生物一次性找出来。

05
Interactive Tree Of Life


下载地址：http://itol.embl.de/

当我们打开别人的论文时，总会看到很多高颜值的进化树 。

如果我们也能画出这么漂亮的进化树，那么高分文章，按时毕业，都不是事儿啊。

此时你需要这款功能强大的在线进化树美化工具——ITOL(Interactive Tree Of Life)。

06
GraPhlAn


下载地址：https://bitbucket.org/nsegata/graphlan/wiki/Home

GraPhlAn (Graphical Phylogenetic Analysis) 软件，是一种将微生物基因组和宏基因组可视化的计算工具。

一方面，它可以实现对物种进化树的可视化及注释，使进化树图的内容更丰富。

另一方面，也可以对物种注释结果进行总体展示，并且可以根据LEfSe分析的结果对不同分组添加不同颜色的biomarker。

07
ggtree


下载地址：http://www.bioconductor.org/pack ... oc/html/ggtree.html

随着系统发育树研究越来越广泛，人们需要对进化树做越来越多的个性化展示。

ggtree正好满足了人们的这些个性化需求，可以通过代码来添加进化树所需的内容，并控制展示形式。这是一款非常优秀的扩展包，是ggplot2的良好衍生，能够很好地利用图层进行绘图。

08
Cytoscape



下载地址：http://www.cytoscape.org/

Cytoscape是一款可图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，它支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。

Cytoscape还能够为网络添加丰富的注释信息，并且可以利用自身以及第三方开发的大量功能插件，针对网络问题进行深入分析。

09
PANDAseq



下载地址：https://github.com/neufeld/pandaseq/wiki

在对16S rDNA进行可变区测序的时候，往往选取多个可变区，但是Illumina测序长度不够，454测序数据量不够。

所以一般采用Illumina双端测序，这就涉及到序列的拼接，PANDAseq可以快速拼接双端的reads并修正大部分的错误。

10
CGView



在线网址：http://stothard.afns.ualberta.ca/cgview_server/

CGView拥有着Java软件包构成的强心脏，可将环形基因组（质粒、细菌、叶绿体、线粒体）以静态或者交互式形态高质量展示，构思出“圆”满的分析图。

它输入的基因组序列文件的格式可以为fasta、genbank、EMBL等格式，另外可以添加3条参考序列。

CGView Server使用blast比较基因组和参考序列，将比对结果或者是关注的特征区域可视化展示。

11
Python



下载地址：https://www.python.org/

小提琴图因整合了箱线图和核密度图，深受科研人员喜爱。

通过小提琴图，我们不仅可以看到箱线图展示的各分位数的位置，还能知道哪些位置的密度较高。

Sheng1982

太棒了，非常感谢！