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[expression-profile] 请问如何加快HTSeq-count运行速度

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发表于 2017-11-24 12:28:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问各位大神,我用samtools排序后的bam文件大约在5G左右,然后用HTSeq-count进行count计数,计数一个文件大约要2.5~3个小时,请问有什么方法可以加快HTSeq-count 的计算速度?请各位大神不吝赐教!谢谢!
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发表于 2017-11-24 20:02:51 | 显示全部楼层
很简单,换软件,强烈推荐 featureCounts,保证快到飞起来
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-11-24 21:14:18 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-11-24 20:02
很简单,换软件,强烈推荐 featureCounts,保证快到飞起来

谢谢jimmy大神!

我来学习一下 featureCounts
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