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[其他] sam文件中的flags的疑问

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发表于 2017-11-25 23:32:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
今天在用samtools view -F 1024 命令过滤duplicate时,居然是0过滤。
然后我对sam文件中的第二列(flags)进行统计,发现最大的值只有到181.
然后我再用samtools markdup命令进行去duplicate,发现是有很大一部分duplicate的。
那就就是存在duplicate,那么为什么sam文件的第二列没有1024这个flags。

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发表于 2017-11-27 09:08:01 | 显示全部楼层
samtools markdup命令??? 你是开玩笑吧,哪里来的这个???
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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