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楼主: bioinfo.dong

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发表于 2018-8-30 21:40:22 | 显示全部楼层
我是运行rnaMatrix <- gdcRNAMerge(metadata  = metaMatrix.RNA,
                         path      = 'TCGA-PRAD/RNAseq/',
                         data.type = 'RNAseq')
后出现:
############### Merging RNAseq data ################
### This step may take a few minutes ###

Error in open.connection(file, "rt") : 无法打开链结
此外: Warning message:
In open.connection(file, "rt") :
  无法打开压缩文件'TCGA-PRAD/RNAseq//d5b5e519-5ce4-4147-a500-25b2f442152d.htseq.counts.gz',可能是因为'No such file or directory'


请大神解释一下,多谢!
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发表于 2018-9-4 21:08:42 | 显示全部楼层
大神们出来指导一下!
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发表于 2018-11-29 16:40:27 | 显示全部楼层
安装失败:
> install.packages('~/Prog/GDCRNATools_0.99.16.tar.gz', repos = NULL, type='source')
Installing package into /home/bio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5
(as lib is unspecified)
Error in getOctD(x, offset, len) : invalid octal digit
Warning message:
In install.packages("~/Prog/GDCRNATools_0.99.16.tar.gz", repos = NULL,  :
  installation of package /home/bio/Prog/GDCRNATools_0.99.16.tar.gz had non-zero exit status

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