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问大家为什么hg38要转成hg19

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发表于 2017-12-12 18:32:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
jmzeng 老师说,consensus coding sequence (CCDS)记录CCDS.20150512.txt文件,是基于hg38版本的,需要首先转换成hg19才可以来计算这次测序项目的覆盖度和平均测序深度。这个帖子的地址http://www.bio-info-trainee.com/1108.html
那么既然CCDS是基于hg38版本,那就用hg38作为参考基因不行吗?



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发表于 2017-12-22 15:39:11 | 显示全部楼层
因为他之前的工作是以Hg19作为reference数据库的,后续用别人hg38的数据时就要转为hg19.
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