搜索
查看: 1319|回复: 0

【py】rosalind1_Counting DNA Nucleotides

[复制链接]

10

主题

11

帖子

400

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
400
发表于 2017-12-14 22:35:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 默存 于 2017-12-14 22:35 编辑

#python代码没一点长进,来刷rosalind提高下,欢迎批评指错,一起学习
#本题目的:计算一个ATGC序列中各个字符的个数
[Python] 纯文本查看 复制代码
#[url=http://rosalind.info/problems/dna/]http://rosalind.info/problems/dna/[/url]#原题地址
#[color=#ff0000][b]使用python3[/b][/color]实现
with open("rosalind_dna.txt") as f:
    for line in f:
        line=line.strip("\n")
        #print(line)
        #print(type(line))
        print("total_length:%dnt"%len(line))
        print("A_count:%dnt"%line.count("A"))
        print("T_count:%dnt"%line.count("T"))
        print("G_count:%dnt"%line.count("G"))
        print("C_count:%dnt"%line.count("C"))
[b][color=#ff0000]#使用vi实现[/color][/b]
$ vi rosalind_dna.txt
:%s/A//gn#命令行模式下输入
217个

[b][color=#ff0000]#使用grep实现[/color][/b]
$ grep -o “A” rosalind_dna.txt |wc -l
217
#统计总长度
$ grep -o "A\|T\|G\|C" rosalind_dna.txt |wc -l
923
#-o, --only-matching       show only the part of a line matching PATTERN
#-o匹配一个以行的形式打印,wc -l统计
 [color=#ff0000][b]
#使用tr命令实现[/b][/color]
$ cat rosalind_dna.txt |tr -cd "A" |wc
      0       1     217





上一篇:预测氨基酸替换的致病性及分子机制:MutPred工具的使用
下一篇:转录组入门-关于plotMA函数的疑问
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-9-17 07:15 , Processed in 0.027257 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.