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【py】rosalind1_Counting DNA Nucleotides

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发表于 2017-12-14 22:35:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 默存 于 2017-12-14 22:35 编辑

#python代码没一点长进,来刷rosalind提高下,欢迎批评指错,一起学习
#本题目的:计算一个ATGC序列中各个字符的个数
[mw_shl_code=python,true]#http://rosalind.info/problems/dna/#原题地址
#使用python3实现
with open("rosalind_dna.txt") as f:
    for line in f:
        line=line.strip("\n")
        #print(line)
        #print(type(line))
        print("total_length:%dnt"%len(line))
        print("A_count:%dnt"%line.count("A"))
        print("T_count:%dnt"%line.count("T"))
        print("G_count:%dnt"%line.count("G"))
        print("C_count:%dnt"%line.count("C"))
#使用vi实现
$ vi rosalind_dna.txt
:%s/A//gn#命令行模式下输入
217个

#使用grep实现
$ grep -o “A” rosalind_dna.txt |wc -l
217
#统计总长度
$ grep -o "A\|T\|G\|C" rosalind_dna.txt |wc -l
923
#-o, --only-matching       show only the part of a line matching PATTERN
#-o匹配一个以行的形式打印,wc -l统计

#使用tr命令实现

$ cat rosalind_dna.txt |tr -cd "A" |wc
      0       1     217
[/mw_shl_code]




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