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[mRNA-seq] 转录组入门-关于plotMA函数的疑问

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发表于 2017-12-14 11:24:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 ferfresh 于 2017-12-14 11:24 编辑

在参考hoptop大神的转录组入门教程中,运行plotMA函数的代码,出来的结果的截然不同。
大神的代码:
[Python] 纯文本查看 复制代码
plotMA(res, ylim = c(-5,5))
topGene <- rownames(res)[which.min(res$padj)]
with(res[topGene, ], {
  points(baseMean, log2FoldChange, col="dodgerblue", cex=2, lwd=2)
  text(baseMean, log2FoldChange, topGene, pos=2, col="dodgerblue")
})

示例结果:

我的代码:
[Python] 纯文本查看 复制代码
plotMA(res, ylim = c(-5,5))
topGene <- rownames(res)[which.min(res$padj)]
with(res[topGene, ], {
  points(baseMean, log2FoldChange, col="dodgerblue", cex=2, lwd=2)
  text(baseMean, log2FoldChange, topGene, pos=2, col="dodgerblue")
})

我的结果:

图中的坐标系完全不一样。不知道哪里出问题。请路过的群友赐教!





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