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TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据03

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发表于 2017-12-16 18:28:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 mckf111 于 2017-12-16 18:31 编辑

这几天刚回国 小孩又生病 耽误了些时日

本篇为第三部分,主要记录使用DESeq2包做差异分析。

基本原则
其实,大多数DE分析软件的思路都是差不多的,你要想让软件告诉你哪些基因表达有差异,差异显不显著,那么
首先,通过测序,每个实验组的基因表达都会以数值来计量,软件得知道你的表达数值才能计算差异(根据软件的不同,可以是原始数值(raw_counts),也可以是标准化后的数据),这个信息俗称表达矩阵
。。。

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