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【py】rosalind3_reverse_complement_of_dna

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发表于 2017-12-18 22:37:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
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#目的:输出序列的反向互补序列
#原文地址[url]http://rosalind.info/problems/revc/[/url]
with open("rosalind3.txt") as f:#rosalind3.txt中存储的序列为AAAACCCGGT
    for line in f:
        line=line.strip("\n")
        #print(line)
        line=line[::-1]#将序列反向,使用了字符串的切片功能,即从最后一个字符开始一个一个(-1)输出
        #切片知识详细介绍:[url]https://www.tuicool.com/articles/rMbaEbA[/url]
        for i in line:#求互补序列,这里代码写的好丑陋
            if i=="A":
                i="T"
            elif i=="T":
                i="A"
            elif i=="G":
                i="C"
            elif i=="C":
                i="G"                
            print(i,end="")#end此处可以指定换行符,将换行符改为空,连续输出序列




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发表于 2018-7-5 15:55:23 | 显示全部楼层
本帖最后由 pilyric 于 2018-7-5 16:50 编辑

[Python] 纯文本查看 复制代码
tranTable = str.maketrans('ACGTacgt','TGCAtgca')

with open('c:/users/hell-p/desktop/rosalind_revc.txt') as f:
    for line in f:
        print(line.rstrip().translate(tranTable)[::-1])
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