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分享一个基因融合(Gene_Fusion)检测的新软件--Arriba

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发表于 2017-12-20 08:51:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 mckf111 于 2017-12-20 11:05 编辑

这是上个月我们所举办博士海报 (PhD poster presentation) 时站我前面的德国小哥的作品,全场120张海报,就数他的最炫彩,而且作者只有一个人 (颇有我的神韵),可叹的是,因为是偏算法的,少人问津。不过这倒是给了我充足的讨教时间,等我的poster session一结束,我就窜过去了。

软件名字叫Arriba (西班牙语,意思是up,我觉得中文可以理解为顶,雄起),作者名字Sebastian uhrig,课题组地址:Division of Applied Bioinformatics,软件的github地址是:arriba

这个软件目前参加了由International Cancer Genome Consortium (ICGC)和The Cancer Genome Atlas (TCGA)主办的软件竞赛DREAM SMC RNA Challenge,分属于Fusion组,目前进入第四轮,performance始终排名第一,不出意外,肯定入选最终pipeline。从他的海报数据上看,还是挺吓人的,其他几款软件耗时几十个小时,Arriba只最多花了5分钟左右,而且从他的解释来看,并不是一味的用空间换时间,而主要是算法上的改进!

因为我现在并不是做这个方向 (以后说不准也会~~),在这里主要给这位小哥打call,并且将好东西推介给有需要的人



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发表于 2018-1-22 10:09:26 | 显示全部楼层
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