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直播编程第二题

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发表于 2017-12-27 15:52:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
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#! /bin/python
import pysam
import os
os.chdir("/home/liuzh/gpfs/zhangxt/practice")
hg19 = pysam.FastaFile("hg19.fa")
for chr in hg19.references:
	seq = hg19.fetch(chr)
	seqLen = len(seq)
	N = seq.count("N")
	GC = seq.count("G")+seq.count("C")+seq.count("g")+seq.count("c")
	print(chr,"N%","%.2f"%(N/seqLen),"GC%","%.2f"%(GC/(seqLen-N)))




说明: pysam modulework with SAM/BAM/VCF/BCF/BED/GFF/GTF/FASTA/FASTQ files as well as access to the command line functionality of the samtools and bcftools packages.references:build *.fai file to quickly readfetch:get some region



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发表于 2018-3-16 09:03:20 | 显示全部楼层
能不能添加注释?看着每一行不是很懂
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