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[expression-profile] 请问我在使用HTSeq的时候* claims to have an aligned mate

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发表于 2018-1-5 15:29:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
这里有个问题请求指点:是这样的在我运行HTSeq继续计数的时候读取gtf文件出现这个情况。
100000 GFF lines processed.
200000 GFF lines processed.
300000 GFF lines processed.
400000 GFF lines processed.
446289 GFF lines processed.
Warning: Read E00512:142:HKJFMALXX:4:1207:15716:45523 claims to have an aligned mate which could not be found in an adjacent line.
.
.
.
.
.
64200000 SAM alignment record pairs processed.
64300000 SAM alignment record pairs processed.
64400000 SAM alignment record pairs processed.
64500000 SAM alignment record pairs processed.
64600000 SAM alignment record pairs processed.
Warning: 63297172 reads with missing mate encountered.
64674497 SAM alignment pairs processed.

我在samtools sort的时候没有设置“-n”这个参数,不知道是不是这个的影响。这个warning会对后续结果产生什么影响呢?

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 楼主| 发表于 2018-1-6 09:58:28 | 显示全部楼层
鉴于跑HTSEQ时间长,所以昨天开贴求助!今天解决,就是需要在排序时添加“-n”这个参数。但是原理有些不解,静待后续发帖。有同时小白的欢迎交流!
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 楼主| 发表于 2018-1-6 11:14:21 | 显示全部楼层
。。。。。。。。。。。。此刻心情很郁闷,,,上述步骤只解决了一个文件的问题。后面又出现了相同问题,静待大神指点!
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发表于 2018-1-6 14:06:48 | 显示全部楼层
菜鸟星星 发表于 2018-1-6 11:14
。。。。。。。。。。。。此刻心情很郁闷,,,上述步骤只解决了一个文件的问题。后面又出现了相同问题,静 ...

samtools 加不加-n是看你htseq-count的-r参数是怎么设定的,你可以先看看samtools -n参数的意思,然后再看下htseq-count -r参数,一般来说,我们会选择samtools sort的默认排序,即按照比对到的位置排序(不加-n);然后htseq-count -r 参数选择pos,这样一般就不会报错了
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 楼主| 发表于 2018-1-6 19:30:38 | 显示全部楼层
非常感谢,谢谢指点
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