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[alignment] 各位老大,能否给个最简单的比对程序,不要脚本。

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发表于 2018-1-17 16:08:25 | 显示全部楼层 |阅读模式
比如我现在手头有一个样品的 rat-1_R1.fastq.gz 和 rat-1_R2.fastq.gz,测序原始数据,如何处理。

是不是要先去接头,然后对比,大鼠基因组数据也已经下好了,怎么样把他比对到基因组上去,谢谢。
     不要什什么脚本,一般不就6一个样品吗,俺们不怕,别给什么类似的  $id;done
  ,小白不懂,谢谢。   

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发表于 2018-5-2 14:54:52 | 显示全部楼层
本帖最后由 alienzj 于 2018-5-2 14:57 编辑

质量控制软件:
sickle
质量控制命令:
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
sickle pe \
-f rat-1_R1.fastq.gz \
-r rat-1_R2.fastq.gz \
-t sanger \
-o rat-1_R1.trimmed.fastq.gz \
-p rat-1_R2.trimmed.fastq.gz

比如参考基因组是rat_ref.fa
先对参考基因组建立索引:
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
bwa index rat_ref.fa -p /path/to/rat_ref

然后比对:
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
bwa mem -t 8 /path/to/rat_ref rat-1_R1.trimmed.fastq.gz rat-1_R2.trimmed.fastq.gz > rat-1.sam
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发表于 2018-1-21 09:58:45 | 显示全部楼层
shell脚本看不懂,就学,基本上三五天就学会了
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 楼主| 发表于 2018-1-22 17:15:01 | 显示全部楼层
谢谢管理员,看来要多加强学习
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发表于 2018-4-27 09:46:18 | 显示全部楼层
建议HISAT2  STAR 比对软件处理转录组数据
BWA samtools 处理重测序数据
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