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建立系统发育树时单拷贝直系同源基因的筛选问题

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发表于 2018-1-19 15:48:26 | 显示全部楼层 |阅读模式
刚刚接触生信,一个挖掘基因组功能的课题。后续需要做一些正选择分析,水平基因转移等等,首先需要建立一个系统发育树。现在卡在建树的环节了,需要找单拷贝的直系同源基因序列来建树。
现在有些概念不清,怎么通过双向blast确定直系同源基因?单拷贝又怎么讲?




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发表于 2018-11-6 21:29:30 | 显示全部楼层
可能作者已经解决问题,回复目的在于给之后不清楚的人参考,all-to-all Blast之后会有group的结果,自己写脚本统计出,每个group中各个物种的基因数,如果比例为1:1:1:1:1(1的数目等于总物种数),这样的则为单拷贝,选用这些group建树。
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