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R新手求助,相邻两个位置的行进行合并?

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发表于 2018-1-23 16:00:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
将相邻两个位置的行进行合并。如何进行实现?
1       789501  789600  *       5.29096242272745e-08    1.22006133088957e-05    18.752688172043 225     32      193     558   
1       789601  789700  *       2.52256726059658e-19    6.5140678030651e-16     19.8031742250543        284     2       282     473   
比如上面这两行是这样的,我计划将这种类型的两行合并成一行。筛选条件是第一行的第三列和第二行的第二列之间的差值是1.
其他的列累加。




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发表于 2018-2-6 15:33:44 | 显示全部楼层
bedtools 有cluster和 mergebed, 能实现你的需求。
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 楼主| 发表于 2018-10-16 21:00:04 | 显示全部楼层
zt1989 发表于 2018-2-6 15:33
bedtools 有cluster和 mergebed, 能实现你的需求。

嗯,不过bedtools对输入文件的要求比较高
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发表于 2019-6-13 05:19:02 | 显示全部楼层
#import pandas as pd


#f1=pd.read_csv('相邻两个位置的行进行合并.txt',sep='\t',header=None)

#df=[]
#for i in range(0,f1.shape[0]-1):
#        if f1.iloc[i+1,1]-f1.iloc[i,2]==1:
#                #print(type(f1.iloc[i].values))
#                line=f1.iloc[i].values+f1.iloc[i+1].values
#                line=list(line)
#                df.append(line)

#df=pd.DataFrame(df)

#df.to_csv('相邻两个位置的行进行合并output.txt',sep='\t',header=None,index=False)


python脚本,希望能帮上你!
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 楼主| 发表于 2019-6-14 15:47:19 | 显示全部楼层

感谢你的回答我先运行一下
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