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[ohter] clusterProfiler包的enrichGO可以自定义背景基因吗

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发表于 2018-1-23 18:57:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
现在手里有两百多个通过某些途径筛选得到的基因,现在已经转化为了entre ID,接下来想做GO分析,但是在enrichGO这里跑出来的结果是空的,是不是因为背景基因不对的原因啊,我研究的是人类基因组,如果可以自定义背景基因,universe这个参数应该填什么啊?求告知
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发表于 2018-1-24 20:23:33 | 显示全部楼层
结果空的可能是因为enrichGO默认padj阈值的关系(也就是说没有满足阈值的富集结果),你可以将p值等阈值全部设置为1看看有无结果
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发表于 2018-1-26 10:23:40 | 显示全部楼层
似乎可以试着定义下你输入的基因名的格式。
像这个参数:keytype = "SYMBOL"
之后也可以提高阈值。。。
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