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[expression-profile] RNA-seq运行cuffmerge遇到的问题

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发表于 2018-1-28 21:44:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
使用clean reads进行RNA-seq的差异表达量分析,在unix服务器环境下前面使用tophat,cufflink都很顺利(代码如下):
Tophat
/home/share/bin/tophat -p 8 -G /home/jianglin/ljiang/XP/goat_ref/goat_refnew.gtf-o /home/jianglin/ljiang/XP/results/'d10803_L5_I371_thout1/' /home/jianglin/ljiang/XP/goat_ref/goat/home/jianglin/ljiang/XP/data/'d10803_L5_I371.R1.clean.fastq' /home/jianglin/ljiang/XP/data/'d10803_L5_I371.R2.clean.fastq'
Cufflink
/home/share/bin/cufflinks -p 8 -G /home/jianglin/ljiang/XP/goat_ref/goat_refnew.gtf-o /home/jianglin/ljiang/XP/results/'d10803_L5_I371_clout'//home/jianglin/ljiang/XP/results/'d10803_L5_I371_thout1/accepted_hits.bam'
d10803_L5_I371只是样本之一,一共有六个样本,每个样本单独进行。

vi文件编辑:
assemblies.txt=
/home/jianglin/ljiang/XP/results/d4502_L6_I367_clout/transcripts.gtf
/home/jianglin/ljiang/XP/results/d4501_L4_I366_clout/transcripts.gtf
/home/jianglin/ljiang/XP/results/d4503_L6_I368_clout/transcripts.gtf
/home/jianglin/ljiang/XP/results/d10801_L4_I369_clout/transcripts.gtf
/home/jianglin/ljiang/XP/results/d10802_L5_I370_clout/transcripts.gtf
/home/jianglin/ljiang/XP/results/d10803_L5_I371_clout/transcripts.gtf

Cuffmerge
/home/share/software/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/cuffmerge–o /home/jianglin/ljiang/XP/results/merged_asm -g /home/jianglin/ljiang/XP/goat_ref/goat_refnew.gtf-s /home/jianglin/ljiang/XP/goat_ref/goat -p 8 /home/jianglin/ljiang/XP/results/assemblies.txt

cuffmerge的命令输入后,这样显示:
[Sun Jan 28 17:15:19 2018] Beginning transcriptome assembly merge
-------------------------------------------

[Sun Jan 28 17:15:19 2018] Preparing output location /home/jianglin/ljiang/XP/results/merged_asm/
[Sun Jan 28 17:15:29 2018] Converting GTF files to SAM
[17:15:29] Loading reference annotation.
[17:15:33] Loading reference annotation.
[17:15:37] Loading reference annotation.
[17:15:41] Loading reference annotation.
[17:15:45] Loading reference annotation.
[17:15:49] Loading reference annotation.
[Sun Jan 28 17:16:01 2018] Quantitating transcripts
Warning: Could not connect to update server to verify current version. Please check at the Cufflinks website (http://cufflinks.cbcb.umd.edu).
Command line:
cufflinks -o /home/jianglin/ljiang/XP/results/merged_asm/ -F 0.05 -g /home/jianglin/ljiang/XP/goat_ref/goat_refnew.gtf -q --overhang-tolerance 200 --library-type=transfrags -A 0.0 --min-frags-per-transfrag 0 --no-5-extend -p 8 /home/jianglin/ljiang/XP/results/merged_asm/tmp/mergeSam_filezEJpqP
[bam_header_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated.
[bam_header_read] invalid BAM binary header (this is not a BAM file).
File /home/jianglin/ljiang/XP/results/merged_asm/tmp/mergeSam_filezEJpqP doesn't appear to be a valid BAM file, trying SAM...
[17:16:21] Loading reference annotation.
[17:16:23] Inspecting reads and determining fragment length distribution.
Processed 22612 loci.                       
> Map Properties:
>       Normalized Map Mass: 218274.00
>       Raw Map Mass: 218274.00
>       Fragment Length Distribution: Truncated Gaussian (default)
>                     Default Mean: 200
>                  Default Std Dev: 80
[17:16:36] Assembling transcripts and estimating abundances.
Processed 22612 loci.                       
[Sun Jan 28 17:21:09 2018] Comparing against reference file /home/jianglin/ljiang/XP/goat_ref/goat_refnew.gtf
Warning: Could not connect to update server to verify current version. Please check at the Cufflinks website (http://cufflinks.cbcb.umd.edu).
No fasta index found for /home/jianglin/ljiang/XP/goat_ref/goat.fa. Rebuilding, please wait..
Error: sequence lines in a FASTA record must have the same length!
        [FAILED]
请问这是什么问题呢?序列文件在前面已经索引过了啊?麻烦各路大神帮忙解决一下



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发表于 2018-1-29 15:19:16 | 显示全部楼层
你好,我也是遇到了相同的问题,现在还未解决,如果您能解决的话可以将方法发给我的邮箱1830543131@qq.com.万分感谢!!
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 楼主| 发表于 2018-1-29 20:58:12 | 显示全部楼层
苏牧传媒 发表于 2018-1-29 15:19
你好,我也是遇到了相同的问题,现在还未解决,如果您能解决的话可以将方法发给我的邮箱.万分感谢!! ...

好的,要是我解决了定会回复你的
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发表于 2018-4-24 14:10:01 | 显示全部楼层
本帖最后由 secretofshadow 于 2018-4-24 14:16 编辑

fasta文件格式的问题,你看下每行字符数一不一样,有没有空行
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