搜索
查看: 762|回复: 2

求助:定位序列

[复制链接]

5

主题

10

帖子

152

积分

注册会员

Rank: 2

积分
152
发表于 2018-1-30 12:30:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
文献中只给出了序列的起始位点,而且是数万对起始位点,用什么方法可以找到对应的序列?



上一篇:求助:共有序列/保守序列
下一篇:可视化
回复

使用道具 举报

3

主题

17

帖子

350

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
350
发表于 2018-1-31 10:11:29 | 显示全部楼层
可以按位置批量提取序列的工具有 bedtools的fastfrombed
还有个工具Tbtools等等
回复 支持 反对

使用道具 举报

5

主题

10

帖子

152

积分

注册会员

Rank: 2

积分
152
 楼主| 发表于 2018-2-1 20:37:51 | 显示全部楼层
zt1989 发表于 2018-1-31 10:11
可以按位置批量提取序列的工具有 bedtools的fastfrombed
还有个工具Tbtools等等

bedtool软件真的是不错
$ cat test.fa
>chr1
AAAAAAAACCCCCCCCCCCCCGCTACTGGGGGGGGGGGGGGGGGG

$ cat test.bed
chr1 5 10

$ bedtools getfasta -fi test.fa -bed test.bed
>chr1:5-10
AAACC

# optionally write to an output file
$ bedtools getfasta -fi test.fa -bed test.bed -fo test.fa.out

$ cat test.fa.out
>chr1:5-10
AAACC
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2018-10-22 16:52 , Processed in 0.124509 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.